Après des études de piano et d’accompagnement au CNR de Boulogne-Billancourt, Samuel Jean a étudié avec Serge Zapolsky au CNSM de Paris dans la classe d’accompagnement / direction de chant, dont il sort diplômé avec mention "Très Bien" en 2002.
Attiré par la direction d’orchestre, il obtient en 2004 un Premier prix à l’unanimité dans la classe de Stéphane Cardon en CNR de Boulogne-Billancourt. Il débute sa carrière de chef en 2005, à l’Opéra Comique, en dirigeant La Veuve Joyeuse de Léhar, mise en scène par Jérôme Savary pour plus de 30 représentations.
En décembre 2006, il est lauréat de l’audition des jeunes chefs de l’Orchestre National d’Ile de France.
En 2006/2007, il est invité par Radio France pour diriger un concert d’ensembles vocaux (concert diffusé sur France Musique), et par l’Orchestre de Pau-Pays de Béarn pour un concert au Zénith. Il dirige plusieurs représentations de la création de Damon Albarn, Monkey : Journey to the West, au Festival International de Manchester et au Théâtre du Châtelet.
En 2007-2008, il dirige l’Orchestre National d’Ile de France dans un programme contemporain : Messiaen, Takemitsu, Adams, ainsi que la création mondiale du Concerto pour piano de Denis Cohen. Il dirige également l’Orchestre de Rouen Haute-Normandie (Histoire du Soldat de Stravinsky), l’Orchestre Symphonique Régional du Limousin (Requiem de Mozart) et l’Orchestre de Pau-Pays de Béarn (La Périchole et La Belle Hélène d’Offenbach).
Samuel Jean fait ses débuts à Milan en dirigeant en juin 2008 La Périchole d’Offenbach à la tête de l'Orchestre symphonique Giuseppe Verdi de Milan.
En janvier 2009, il dirige la création mondiale de l’opéra Affaire étrangère de Valentin Villenave à l’Opéra National de Montpellier, très bien accueillie par le public et la presse.
En avril 2009, Samuel Jean dirige une série de concerts avec Pierre et le Loup de Prokofiev, avec l'Orchestre de Haute-Normandie à Rouen.
En juin et juillet de la même année, il participe au Festival d'Aix-en-Provence à la nouvelle production d'Orphée aux Enfers qu’il dirigera lors des reprises en tournée de ce spectacle en 2010 et 2011 à l’Opéra de Toulon, à l’Opéra de Dijon, au Grand Théâtre d'Aix-en-Provence et à l’Opéra Royal de Versailles.
En octobre 2009, Samuel Jean fait ses débuts à la tête de l’Orchestre Philarmonique de Radio France pour la création de Silence d’André Serre-Milan, avec l’actrice Karin Viard.
Samuel Jean a collaboré en tant qu'assistant avec des chefs tels que Myung-Wung Chung, John Nelson, Ton Koopman, Friedman Layer, Alain Altinoglu, Jean-Christophe Spinosi, David Stern, Laurence Equilbey, Miquel Ortega, Hervé Niquet où Fayçal Karoui et avec divers metteurs en scène (Olivier Py, Jérôme Savary, Chen Shi-Zheng, Emilio Sagi, Jean Paul Scarpitta, Yves Beaunesne…).
Samuel Jean est directeur artistique du Festival des "Pierres Lyriques en Béarn des Gaves" depuis 2004 et professeur des "Ensembles Vocaux" au CNSM de Paris depuis septembre 2005.