Marie-Bénédicte Souquet débute ses études musicales à la Maîtrise de Radio-France et poursuit sa formation au Centre de Musique Baroque de Versailles. Après une Licence de Musicologie à la Sorbonne, elle intègre le CNSM de Paris où elle obtient un Premier prix de chant avec mention Très bien, à l’unanimité du jury. Peu après, elle se distingue au Concours Hans Gabor Belvedere de Vienne en remportant le prix du Staatsoper de Dresde où elle est invitée pour chanter le rôle de la Reine de la Nuit dans La Flûte Enchantée.
Elle reprend ce même rôle dans une mise en scène de Lukas Hemleb et dirigée par Alain Altinoglu à Massy, puis dans le cadre du festival d'Opéras en plein air. Elle est par ailleurs Fanny dans La Cambiale di Matrimonio de Rossini, Marie dans Les mousquetaires au couvent de Varney, Belinda dans Didon et Énée de Purcell, une fille fleur dans Parsifal de Wagner sous la direction de Pierre Boulez à la Cité de la Musique, la doublure de Sémire dans les Boréades de Rameau dirigé par William Christie, Missia dans La Veuve joyeuse de Franz Lehar, ou encore Susanne dans les Noces de Figaro mis en scène par Emmanuelle Cordoliani. Dans le cadre de ses études à l’Atelier d'Art Lyrique de l’Opéra de Paris, elle chante Despina dans Cosi fan Tutte et Sylvia dans L’Isola Disabitata de Haydn. On l’entend dans le rôle d’Elvira dans L’Italiana in Algeri de Rossini à Massy puis, à l'Opéra de Fribourg elle chante Flaminia dans Il Mondo della Luna de Haydn. Dernièrement, elle chante Quatuor 2 de Betsy Jolas à la Cité de la Musique avec l’Ensemble Intercontemporain, le Requiem de Mozart sous la direction de Fayçal Karoui, Les Leçons de Ténèbres de Charpentier avec La Grande Ecurie et la Chambre du Roy sous la direction de Jean-Claude Malgoire ou encore l’Enfant et les Sortilèges dirigée par Kent Nagano à Montréal. Elle est invitée par le Festival International d'Aix-en-Provence en 2007 pour chanter le rôle de Barberine dans Le Nozze di Figaro, sous la direction de Daniel Harding et dans une mise en scène de Vincent Boussard, où sa participation a été unanimement saluée par la critique. Elle interprète sous la direction d'Alain Altinoglu Ces Sacrés Nibelungen d'Oscar Strauss à la Cité de la Musique puis au Festival de Radio-France à Montpellier. Elle interprète le rôle de Francine dans la comédie musicale Arsène Lupin au théâtre de l'Athénée Louis Jouvet à Paris et en tournée en France avec la compagnie Les Brigands. Dernièrement, on entend Marie-Bénédicte Souquet dans le rôle de Fiorella dans Les Brigands à Avignon et à Besançon, La Cour du Roi Pétaud de Delibes à l’Athénée, La Messe Nelson de Haydn, Eine Deutsches Requiem de Brahms en tournée avec l'Opéra de Lille, Carmina Burana en concert Salle Pleyel avec l'Orchestre national d'Ile de France, à l’Opéra de Toulon pour Barberine (Le Nozze di Figaro), à l'Opéra de Lille, puis en tournée à Caen et Dijon pour chanter l'Amour et un Songe dans Dardanus de Rameau sous la direction d'Emmanuelle Haïm.
Parallèlement à ses activités scéniques, Marie-Bénédicte Souquet se consacre aussi au répertoire du lied et de la mélodie en duo avec le pianiste Emmanuel Christien. Ils se produisent en récital à la Salle Cortot, au Sénat, au Festival Classique d’avenir, etc.
Elle a chanté à Paris, Blois et Pau Eine Deutshes Requiem, à Dijon une série de concerts d’œuvres de Charpentier, à l’Opéra de Rouen où elle reprend le rôle de La Reine de La Nuit dans La Flûte Enchantée, à Limoges pour Elvira dans L’Italiana in Algeri. Ses projets la mènent à l’Opéra d’Avignon pour Laurette dans le Docteur Miracle de Bizet, à Orléans pour Catherine dans Pomme d’Api d’Offenbach et Hélène dans Une Education Manquée de Chabrier, Despina dans Cosi fan Tutte au Festival de la Lande de Fronsac, le Te Deum de Charpentier à Vilnius, un concert et un enregistrement de mélodies de Jean-Jacques Rousseau.